Ο Ευστάθιος Πελαγίδης, ήταν καθηγητής του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας, από το οποίο και συνταξιοδοτήθηκε, ήταν ενεργό μέλος μέχρι πρόσφατα στο διοικητικό συμβούλιο του Πανελληνίου Συνδέσμου Ποντίων Εκπαιδευτικών, έχοντας διατελέσει αντιπρόεδρος του Συνδέσμου, και ήταν ενεργό μέλος στην Εύξεινο Λέσχη Θεσσαλονίκης.
Ο Ευστάθιος Πελαγίδης, ήταν συνεργάτης της εφημερίδας ΕύΞΕΙΝΟΣ ΠΟΝΤΟΣ, στα τεύχη του οποίου δημοσιεύθηκαν πολλές έρευνές του για την ιστορία του προσφυγικού ελληνισμού, των Ελλήνων του Πόντου και της Μικράς Ασίας.
Είχε επίσης δημοσιεύσει πολλές έρευνες σε επιστημονικά περιοδικά, και είχε κάνει δημοσιεύσεις για το προσφυγικό πρόβλημα, με τους ομογενείς από την πρώην Σοβιετική Ένωση, έχοντας διοργανώσει προγράμματα ειδικών μαθημάτων, τόσο στο πανεπιστήμιο, όσο και σε συνεργασία με δήμους και συλλόγους.
Είχε δώσει διαλέξεις, τόσο στην Ελλάδα, αλλά και στην Αμερική, την Αυστραλία και την Ευρώπη, για την Μικρασιατικό και Ποντιακό Ελληνισμό, αλλά και για θέματα της Μακεδονίας.
Οι έρευνες του Ευστάθιου Πελαγίδη, εστιάζονταν σε θέματα του προσφυγικού ελληνισμού κυρίως του ποντιακού και μικρασιατικού, ενώ πηγές από τις οποίες αντλούσε τα στοιχεία της έρευνάς του, ήταν, τα Βρετανικά Αρχεία, τα Αρχεία της Κοινωνίας των Εθνών, στη Γενεύη και τα Ιστορικά Αρχεία του Υπουργείου Εξωτερικών της Ελλάδας. Ασχολήθηκε ιδιαίτερα το τελευταίο διάστημα με τους Έλληνες αιχμαλώτους της Μικρασιατικής Καταστροφής και την τύχη τους, ενώ εξέδωσε και σχετικό βιβλίο, λίγο πριν το θάνατό του.
