Το 1934 το περιοδικό Ο Κύκλος τον συμπεριλαμβάνει σε μια ανθολογία πεζογράφων-σε αυτούς που θεωρεί ως καλύτερους της εποχής.[58] Περιλαμβάνεται και στην ανθολόγηση του Ι.Μ.Παναγιωτόπουλου (Ανήσυχα χρόνια). Γενικά τη δεκαετία του 30', κι ενώ βγαίνουν τα πιο αντιπροσωπευτικά έργα των μεσοπολεμικών πεζογράφων, η παρουσία του Κόντογλου είναι σχεδόν ανύπαρκτη. Αντίθετα η δεκαετία του 40' είναι η πιο δημιουργική στο συγγραφικό του έργο. Έχουμε τότε τους περισσότερους τίτλους βιβλίων ποικίλου περιεχομένου με έμφαση τα θρησκευτικά κείμενα.
Στην Κατοχή με το Φημισμένοι άντρες και λησμονημένοι προστρέχει σε πρόσωπα φανταστικά ή υπαρκτά με έντονη τη νοσταλγική του διάθεση.Ένα από τα κεντρικά θέματα της πεζογραφίας του, αν όχι το κεντρικότερο, είναι ο Ελληνισμός πριν απολέσει την επαφή του με τον Τούρκο, ή στο τέλος της Τουρκοκρατίας. Το πνευματικό δρομολόγιό του, όπως και άλλων εκπροσώπων της Γενιάς του Τριάντα ήταν Τουρκία-Γαλλία-Ελλάδα.Αντιδρώντας στον εκδυτικισμό αγωνίστηκε για την επαναφορά της παραδοσιακής αγιογραφίας. Μαζί με τον Κωστή Μπαστιά και τον Βασίλη Μουστάκη κυκλοφόρησαν το περιοδικό Κιβωτός, όπου με άρθρα και φωτογραφικό υλικό ενίσχυαν τον αγώνα του Κόντογλου. Mια τέτοια προσπάθεια περιέκλειε και κάποια μειονεκτήματα: ο Κόντογλου κουβαλούσε από την περίοδο της μαθητείας του στο Παρίσι την αγάπη των Εμπρεσιονιστών για τις πρωτόγονες τέχνες και επιστρέφοντας στην Ελλάδα μελέτησε και αντέγραψε τα έργα της βυζαντινής ζωγραφικής με τέτοια κριτήρια. Έτσι η βυζαντινή εικόνα έπρεπε να είναι καθαρή και ανόθευτη από κάθε άλλη επίδραση. Ένα πνεύμα στρατεύσεως θα χαρακτηρίσει την δημιουργία του, καθώς «ο ίδιος μετά τον Β΄Παγκόσμιο πόλεμο θα γράψει πως αποφασίζει να αφιερώσει το τάλαντό του στο Χριστό», κάτι που απουσίαζε στους πρώτους Χριστιανούς και τους Βυζαντινούς. Γι΄αυτό και η ποιοτική διαφορά ανάμεσα στον προπολεμικό και τον μεταπολεμικό Κόντογλου.[66] Πριν τον πόλεμο θα εισηγηθεί στον Αναστάσιο Ορλάνδο, Διευθυντή της Υπηρεσίας αναστηλώσεως και συντηρήσεως αρχαίων και Βυζαντινών μνημείων του Υπουργείου Παιδείας, οι εκκλησίες να χτίζονται και να διακοσμούνται με τοιχογραφίες βυζαντινότροπεςΘα διεκδικήσει με ανάλογο πείσμα την ελληνική ιθαγένεια και στο πεζογραφικό του έργο, «αγγίζοντας τον βυζαντινό αντιφραγκισμό». Συνδυάζει στοιχεία από τον κόσμο των παραισθήσεων του Έντγκαρ Άλλαν Πόε και τον κόσμο των βίων των αγίων, την αφηγηματική απλότητα του Ντάνιελ Ντεφόε και τις ακολουθίες της Ορθόδοξης Εκκλησίας και όλα αυτά συνέθεταν ένα ύφος naif με καθαρά προσωπικό περιεχόμενο. Οι ήρωές του είναι σαν τους απλούς βιβλικούς ανθρώπους της ανατολής ή σαν τον bon sauvage του αγριανθρώπου των μακρινών αποικιών που που λόγω της απομόνωσής του αυτής από τον δυτικό πολιτισμό παρέμεινε καλός και αγαθός. Μεταφράζει αποσπάσματα από τον Ροβινσώνα Κρούσο και καμαρώνει για την απλότητα του ύφους του Ντάνιελ Ντεφόε και ταυτίζει τον εαυτό του με τον ήρωα του έργου.[62] Επιδιώκει μια επιστροφή στην παρθενία -κάτι που δεν είναι καθόλου άσχετο με με την γενικότερη απώλεια εμπιστοσύνης στο δυτικό πολιτισμό- συνεπεία του μηχανοποιημένου πολέμου του 1914-1918.Στη λογοτεχνία η ακτινοβολία του μάλλον ήταν πιο περιορισμένη σε σχέση με εκείνη της ζωγραφικής του: όπως επισημαίνει ο Λίνος Πολίτης, «Έμεινε σφιχτά προσκολλημένος στο ίδιο ύφος, χωρίς καμία εσωτερική ανανέωση, και τα πολλαπλά δημοσιεύματά επαναλαμβάνουν τα ίδια μοτίβα, ενώ η γλώσσα και το ύφος -που είχαν αναβρύσει τόσο αυθόρμητα και γνήσια στην αρχή- στεγνώνουν αργότερα σε κάποια μανιέρα, κάποτε και με μια δυσάρεστη αναβίωση αρχαϊσμών και καθαρεύουσας» Γενικά ο Κόντογλου δεν άφησε μεγάλα συνθετικά έργα, όπως μυθιστορήματα και εκτός από λίγες εξαιρέσεις, ούτε καν νουβέλες και διηγήματα. Δεν υπάρχει έτσι στο έργο του η εντυπωσιακή μυθοπλασία και σκηνοθεσία με περίτεχνη πλοκή. Το λογοτεχνικό του έργο κατέχει περιορισμένη έκταση στο σύνολο της συγγραφικής του παραγωγής, ενώ το πρωτότυπο λογοτεχνικό είναι μικρό τμήμα του πρώτου. Σε μια εποχή που ο μύθος κυριαρχεί στην ελληνική πεζογραφία εκείνος αποστασιοποιείται. Δεν συναντάμε στα κείμενά του το ευρύτερο κοινωνικό πλαίσιο όπως συμβαίνει στα μυθιστορήματα της εποχής του. Απουσιάζει το επικαιρικό, τα μεγάλα ανθρώπινα πάθη, οι συγκρούσεις και οι δραματικές καταστάσεις. Η λογοτεχνία του συνιστά μια «ποιητική ουτοπία», «μια εκτός τόπου και χρόνου λειτουργία της νοσταλγίας». Η γλώσσα του είναι μια λαϊκίζουσα ιδιόλεκτος με πολλά ιδιώματα της πατρίδας του στο τυπικό και στο λεξιλόγιο. Επηρεασμένος από το πνεύμα του δημοτικισμού των αρχών του αιώνα αποφεύγει λόγιες εκφράσεις και στο τυπικό του είναι εμφανείς κάποιοι ψυχαρισμοί (φχαρίστηση, ντυμασία .Μιστοκλής, Βριπίδης κλπ). Η λαϊκή γλώσσα του δεν είναι προϊόν αισθητικής προτίμησης, αλλά κρίνεται και ως κατάλληλη γλωσσική μορφή κατήχησης και να επικοινωνήσει με το μεγάλο πλήθος. Το ύφος του είναι ιδιότυπο, απλοϊκό και αφελές, «ένα ύφος ανατολίτη παραμυθά».Υπερέχει ο παρατακτικός λόγος, με ρυθμό που θυμίζει λαϊκές αφηγήσεις,παραμύθια και αινίγματα. Οι μυθιστορηματικοί χαρακτήρες των έργων του παρουσιάζονται στατικοί: στην ακμή της ζωής τους, με διαμορφωμένη την προσωπικότητά τους,έχοντας χαράξει πορεία, από την οποία δεν παρεκκλίνουν.
