Το Ίδρυμα Ευαγγέλου Αβέρωφ-Τοσίτσα είναι ο νομικός φορέας στον οποίο ανήκει η Πινακοθήκη. Είναι κοινωφελές ίδρυμα ιδιωτικού δικαίου, διοικούμενο από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, η αρχική σύσταση του οποίου ορίστηκε από τον Ιδρυτή.
Συστάθηκε το 1987 από τον Ευάγγελο Αβέρωφ-Τοσίτσα, με βασικό καταστατικό στόχο τη λειτουργία της Πινακοθήκης και ελέγχεται από τη Διεύθυνση Κοινωφελών Περιουσιών της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Ηπείρου – Δυτ. Μακεδονίας, στα Ιωάννινα.
