Μετά το πραξικόπημα της 21ης Απρίλη 1967 οι αρχές της Χούντας άρχισαν την παρακολούθησή του. Αναγκάζεται να φύγει στο εξωτερικό. Αρχικά στο Βέλγιο, στις Βρυξέλλες όπου με μεγάλη δυσκολία απέκτησε πολιτικό άσυλο με την δραστική προστασία του Βέλγου Σοσιαλιστή Υπουργού, μέλος του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, Προέδρου της Σοσιαλιστικής Ομάδας της Κοινής Αγοράς Έρνεστ Γκλιν, και του ανεξάρτητου Τροτσκιστή βουλευτή Πιέρ Λεγκρέβ.
Στις Βρυξέλλες από τις στερήσεις και το βαρύ κλίμα έπαθε φυματίωση. Έπειτα από ένα χρόνο νοσηλείας στο σανατόριο της Άλσεμπερκ ( προάστιο των Βρυξελλών), βγήκε με μόνο φάρο και οδηγητή, την ανθρώπινη αξιοπρέπεια, την προσήλωση στο ιδανικό και την ψυχική αδυναμία να αντισταθεί στην ξενόδουλη χούντα που αλυσόδεσε το λαό και αιματοκύλησε τον τόπο.
Έπειτα από προτροπή της συζύγου του, για να μπορέσει να επιβιώσει μετοίκησε στη νότια Ιταλία σε κλίμα ανάλογα ήπιο με την Ελλάδα, όπου έζησε πλάι στην Νάπολη στο Κασταλλαμμάρε Ντι Στάμπια, εναλλάξ με το Βέλγιο όπου είχε το πολιτικό άσυλο. Στις 29 Ιουλίου 1974 επιστρέφοντας στην Ελλάδα ο Μιχάλης Λίλλης άφησε την τελευταία του πνοή στο λιμάνι της Πάτρας χτυπημένος από τον καρκίνο.
Κατά την διάρκεια της απουσίας του κάποιοι πρώην συνεργάτες κλεψιτύπησαν και κυκλοφόρησαν σε μυριάδες φωτοτυπημένα αντίγραφα τα Τροτσκιστικά, Μαρξιστικά και Λενινιστικά έργα μεταφράσεις και εκδόσεις του Λίλλη, εισπράττοντας τα αντίστοιχα κέρδη και πνευματικά δικαιώματα. Σφετερίστηκαν το τεράστιο κόστος της παραγωγής των πρωτότυπων έργων που ο Λίλλης κατόρθωσε να εκδώσει πουλώντας και ένα ακίνητο στην Πειραϊκή.
Στόχος της Κας Φλέσσα – Λίλλη ήταν η επανίδρυση του εκδοτικού οίκου «Προμηθέας» και η επανέκδοση των σημαντικών έργων και μεταφράσεων του συζύγου της όπως «Λογοτεχνία και επανάσταση», «Ιστορία της Ρωσικής επανάστασης », «Τα εγκλήματα του Στάλιν» κα. Νομικός η ίδια στο επάγγελμα υπερασπίστηκε μόνη τα πνευματικά του δικαιώματα έως το σημείο που η υγεία της το επέτρεπε. Πάλεψε για αυτά έως το 1996 που έφυγε από τη ζωή.