Σήμερα είναι καθηγητής Περιβαλλοντικής Μικροβιολογίας. Τα ποικίλα ερευνητικά ενδιαφέροντα του Δρ. Pepper αντανακλώνται στο γεγονός ότι είναι μέλος της Αμερικανικής Ένωσης για την Προώθηση της Επιστήμης, της Αμερικανικής Ακαδημίας Μικροβιολογίας, της Εταιρείας Εδαφολογίας της Αμερικής και της Αμερικανικής Εταιρείας Γεωπονίας. Είναι επίσης διευθυντής του Εθνικού Κέντρου Κέντρο Τεχνολογίας Νερού και Περιβάλλοντος στο Πανεπιστήμιο της Αριζόνα. Ο Δρ Pepper δραστηριοποιείται στον τομέα της μοριακής οικολογίας του εδάφους, καθώς και της αξιοποίησης αποβλήτων, συμπεριλαμβανομένων των βιοστερεών και της επαναχρησιμοποίησης λυμάτων. Πιο πρόσφατα, ασχολείται με την έρευνα σχετικά με την παρακολούθηση σε πραγματικό χρόνο των μικροβιακών ρύπων στο πόσιμο νερό και τα «έξυπνα συστήματα διανομής νερού».