Τα ερευνητικά και ακαδημαϊκά της ενδιαφέροντα επικεντρώνονται στον εθνικισμό, την εθνοτικότητα, τις εθνοτικές και μειονοτικές ομάδες, καθώς και στις μεταναστευτικές σπουδές. Για σχεδόν τρεις δεκαετίες διεξάγει εκτενή έρευνα σε κοινότητες εθνοτικών μειονοτήτων, μετανάστες πρώτης και δεύτερης γενιάς και πρόσφυγες. Το έργο της εξετάζει κριτικά τις διαδικασίες διαμόρφωσης ταυτότητας, του ανήκειν και του αποκλεισμού, με ιδιαίτερη έμφαση στις εκπαιδευτικές διαδρομές και την κοινωνική ένταξη. Εκτός από τη συμβολή της στις σπουδές μετανάστευσης και μειονοτήτων, η έρευνά της ασχολείται και με ζητήματα φύλου και ισότητας, διερευνώντας πώς οι διασταυρούμενες μορφές περιθωριοποίησης επηρεάζουν τις γυναίκες και τις μειονοτικές ομάδες.

Η Καθηγήτρια Μιχαήλ έχει συμμετάσχει και ηγηθεί σε πολυάριθμα εθνικά και διεθνή ερευνητικά έργα, υιοθετώντας συχνά μια διεπιστημονική προσέγγιση που γεφυρώνει την ανθρωπολογία, την εκπαίδευση και τις σπουδές ανθρωπίνων δικαιωμάτων. Έχει δημοσιεύσει εκτενώς σε έγκριτα επιστημονικά περιοδικά με κριτές και σε συλλογικούς τόμους, ενώ συνεργάζεται στενά με ακαδημαϊκά ιδρύματα, ΜΚΟ και φορείς χάραξης πολιτικής. Το επιστημονικό της έργο είναι αφιερωμένο στην προώθηση της κοινωνικής δικαιοσύνης, του διαπολιτισμικού διαλόγου, της ισότητας των φύλων και της ενδυνάμωσης των εκτοπισμένων και περιθωριοποιημένων κοινοτήτων."