Ένα τυχαίο περιστατικό έμελλε να συνδέσει καθοριστικά τον Pouqueville με την Ελλάδα. Έχοντας συμμετάσχει στην επιστημονική αποστολή που ακολούθησε τον Ναπολέοντα στην εκστρατεία του στην Αίγυπτο, κατά την επιστροφή του στη Γαλλία με ένα ιταλικό πολεμικό το 1798, αιχμαλωτίζεται μαζί με τους άλλους συνταξιδιώτες του από ένα Αλγερινό πειρατή. Αυτός αντί να τους οδηγήσει σε σκλαβοπάζαρο, τους αποβιβάζει στο Ναυαρίνο. Από εκεί οδηγούνται σιδηροδέσμιοι στην Τρίπολη σαν αιχμάλωτοι πολέμου και με διαταγή του Μουσταφά Πασά φυλακίζονται. Ο Pouqueville κρατήθηκε εκεί επτά μήνες και μετά μεταφέρθηκε στο Ναύπλιο και στη συνέχεια στην Κωνσταντινούπολη, όπου κλείστηκε στις φυλακές του Επταπυργίου. Αποφυλακίστηκε το 1801. Στο διάστημα αυτό έμαθε την νεοελληνική γλώσσα και συνέγραψε το πεντάτομο έργο του «Ταξίδι στο Μοριά, στην Κωνσταντινούπολη, στην Αλβανία και σε πολλά άλλα μέρη της οθωμανικής αυτοκρατορίας» (Voyage en Moree, a Constantinople, en Albanie et dans plusiers autres parties de l’ empire ottoman), το οποίο εκδόθηκε το 1805 στο Παρίσι. Το έργο αυτό περιελάμβανε πλούσιες περιγραφές περιοχών της οθωμανικής αυτοκρατορίας, όπως και αναφορές σε πολιτικά θέματα.
Το παραπάνω έργο γνώρισε μεγάλη απήχηση και έδωσε νέα ώθηση στο κίνημα του Φιλελληνισμού που αναπτυσσόταν τότε στην Ευρώπη. Το 1805 ο Pouqueville διορίστηκε από τον Ναπολέοντα επίσημος διπλωματικός εκπρόσωπος της Γαλλίας στην αυλή του Αλή πασά των Ιωαννίνων. Εκεί έμεινε έως το 1815, συνδέθηκε φιλικά με τον πασά της Ηπείρου και γνώρισε τα προβλήματα και τα δεινά των Ελλήνων από τους Τούρκους, όπως και τα πρώτα τους επαναστατικά σκιρτήματα. Ανέλαβε επίσης, με επίσημη εξουσιοδότηση, την μελέτη των ηθών και εθίμων των Ελλήνων και Τούρκων της βορειοδυτικής Ελλάδας και την συλλογή αρχαιολογικού υλικού.
Δυο χρόνια μετά την αναχώρησή του από τα Ιωάννινα, διορίζεται πρόξενος της Γαλλίας στην Πάτρα. Το 1820 εκδίδει στο Παρίσι ένα νέο πεντάτομο έργο, το «Ταξίδι στην Ελλάδα» (Voyage dans la Grece), με πλούσιο υλικό: ιστορικά γεγονότα της εποχής, αρχαιολογικό υλικό, δημοτικά τραγούδια και περιγραφές τοπικών εθίμων, πληθυσμιακά και οικονομικά στοιχεία και αναφορές στην πανίδα της χώρας. Το έργο αυτό έγινε δεκτό με ενθουσιασμό και τόνωσε τα φιλελληνικά αισθήματα των Ευρωπαίων προς την δοκιμαζόμενη χώρα.
Ο Pouqueville προσέφερε μεγάλες υπηρεσίες στην Ελλάδα. Διακρίνεται για την αφιερωμένη ενασχόλησή του με την σύγχρονη πραγματικότητα μιας χώρας χειμαζόμενης και αγωνιζόμενης για την επιβίωσή της, την οποία συνδέει με το κλασσικό παρελθόν της.
«… ο Pouqueville δεν αναλύει απλώς, όπως άλλοι σύγχρονοί του, όσα μόνο στοιχεία συνδέουν την κλασσική αρχαιότητα με την νεότερη Ελλάδα, αλλά επιχειρεί ν’ αποδείξει ότι η ίδια η νεότερη ελληνική πραγματικότητα περιέχει τα χαρακτηριστικά εκείνα που μας οδηγούν κατευθείαν στο κλασσικό παρελθόν της ». ( Εκδόσεις Αφών Τολίδη).