Ο Στέλιος Περράκης είναι Ομότιμος Καθηγητής Διεθνών και Ευρωπαϊκών Θεσμών στο Πάντειο Πανεπιστήμιο, του οποίου διετέλεσε Αναπληρωτής Πρύτανη Διεθνών Σχέσεων και Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων (2013-2015). Διετέλεσε Καθηγητής Διεθνούς Δικαίου και Κοσμήτορας της Νομικής Σχολής του Πανεπιστημίου Νεάπολις Πάφου (Σεπτέμβριος 2020-Αύγουστος 2022). Δίδαξε στη Νομική Σχολή ΔΠΘ (1978-1993), στο Πανεπιστήμιο Μακεδονίας και στο Τμήμα Διεθνών, Ευρωπαϊκών και Περιφερειακών Σπουδών του Παντείου Πανεπιστημίου (1994-2015). Πρέσβυς εκ προσωπικοτήτων – Μόνιμος Αντιπρόσωπος της Ελλάδας στο Συμβούλιο της Ευρώπης (2015-2019). Συντονιστής της Task Force του Υπουργείου Εξωτερικών της Ελληνικής Προεδρίας στην Επιτροπή Υπουργών του Συμβουλίου της Ευρώπης (Μάιος-Νοέμβριος 2020). Α΄ Αντιπρόεδρος της Ελληνικής Εταιρείας Διεθνούς Δικαίου και Διεθνών Σχέσεων, της οποίας έχει διατελέσει πολλές φορές Πρόεδρος.