Το συγκρότημα της Αγίας Αικατερίνης οικοδομήθηκε από τον Κρητικό ιερωμένο Νικόδημο Καροφυλλάτο, μια σημαντική προσωπικότητα της κρητικής λογιοσύνης, που ήρθε στην Κέρκυρα πρόσφυγας, το 1672, μετά την άλωση του Ρεθύμνου από τους Οθωμανούς.
Ο περικαλλής ναός, αγιογραφημένος, κυρίως, από τον – επίσης Κρητικό – αγιογράφο και ιερομόναχο Στέφανο Τζανκαρόλο, υπήρξε κέντρο ορθόδοξης πίστης, και το μοναστήρι απέκτησε εκπαιδευτικό χαρακτήρα.
Μετά το 1798 ακολούθησε τις τύχες αρκετών άλλων αντίστοιχων μονών. Δημεύτηκε από τους Γάλλους Δημοκρατικούς, αργότερα περιήλθε στο Επιχώριο Συμβούλιο και, από το 1887, ανήκει στην ιδιοκτησία του Δήμου Κερκυραίων, νυν Δήμου Κεντρικής Κέρκυρας και Διαποντίων Νήσων.
Ο ναός συνέχισε να λειτουργείται τακτικά, ενώ, στα κελιά της μονής κατοικούσαν κατά διαστήματα ιερείς που εφημέρευαν σε γειτονικές ενορίες.
Τελευταίος ιερέας που διέμενε στα κελιά της μονής και συντηρούσε τον ναό, όπως και όλο το συγκρότημα, κατά το μεγαλύτερο μέρος του 20ου αι., ήταν ο μακαριστός Αρχιμανδρίτης Χρύσανθος Πολίτης, Πρωτοσύγκελος της Ιεράς Μητροπόλεως Κερκύρας και Παξών. Υπήρξε μια σεβάσμια ιερατική μορφή, που οι παλιοί Κερκυραίοι τον θυμούνται ακόμη. Μετά την εκδημία του, το 1982, τη μονή παρέλαβε ο τότε Δήμος Κερκυραίων.
Δυστυχώς, παρά τις διάφορες κατά καιρούς συζητήσεις, το μοναστήρι της Αγίας Αικατερίνης σταδιακά εγκαταλείφθηκε και, με τα χρόνια, κατέρρευσε. Με πρωτοβουλία του Γιάννη Πιέρη, το 2006, διασώθηκε ο πολύτιμος εικονογραφικός διάκοσμος, που αφαιρέθηκε από τον ναό και φυλάχθηκε στην Εφορεία Αρχαιοτήτων Κέρκυρας, όπου και συντηρήθηκε. Μετά από διάφορες περιπέτειες, πραγματοποιήθηκε η μελέτη και το έργο αποκατάστασης της μονής, μέσα από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων της Περιφέρειας Ιονίων Νήσων, με τη συνεργασία του Δήμου Κεντρικής Κέρκυρας και Δ.Ν. και των υπηρεσιών του Υπ. Πολιτισμού.
Πλέον, ο ιερός ναός της Αγίας Αικατερίνης όπως και το υπόλοιπο οικοδομικό συγκρότημα, αναμένεται να ανακτήσουν τη θέση τους στη ζωή της πόλης μας και να αξιοποιηθούν με τον καλύτερο δυνατό τρόπο, με σεβασμό τόσο στην ιερότητα του χώρου, όσο και στην ιστορία του.
