Η ληξιαρχική πράξη γέννησης του πρώτου Ανατομείου στη Θεσσαλονίκη συντάχθηκε κατά την περίοδο της ναζιστικής κατοχής της πόλης και η ίδρυσή του είναι ταυτόσημη με την ίδρυση της Ιατρικής Σχολής. Το πρώτο Ανατομείο της πόλης στεγάστηκε το φθινόπωρο του 1943 σ’ ένα εβραϊκό σχολείο, το οποίο «παραχωρήθηκε» από τις κατοχικές αρχές της πόλης στο πανεπιστήμιο στη διάρκεια του μαζικού εκτοπισμού των Εβραίων της Θεσσαλονίκης στα κρεματόρια του Άουσβιτς-Μπίρκεναου. Για την εκπαίδευση των πρώτων φοιτητών της Ιατρικής στο μάθημα της Ανατομίας χρησιμοποιήθηκαν ανατομικές τράπεζες από λεηλατημένες μαρμάρινες επιτάφιες πλάκες του παρακείμενου εβραϊκού νεκροταφείου, η καταστροφή του οποίου είχε ξεκινήσει τον Δεκέμβριο του 1942 με απόφαση των Γερμανών και με πλήρη συμμετοχή των ελληνικών κατοχικών αρχών της πόλης.