Έχει ελεγχθεί και έχει αποκατασταθεί το κείμενο της πρώτης έκδοσης του 1866 σύμφωνα με τη βούληση του συγγραφέα.
Έχουν διορθωθεί τα τυπογραφικά λάθη και έχουν ενσωματωθεί τα παροράματα, καθώς και οι ιδιόχειρες διορθώσεις του Ροΐδη.
Έχουν εξομαλυνθεί οι πολυτυπίες, οι ασυνέπειες και οι ανακρίβειες.
Συμπληρώθηκαν βιβλιογραφικά οι συντομογραφίες και συνδέθηκαν οι Σημειώσεις με το κείμενο του μυθιστορήματος.
Σχολιάζεται το κείμενο (με γλωσσικές και πραγματολογικές πληροφορίες) υποσελιδίως.
Έχουν προστεθεί δύο Παραρτήματα: το πρώτο περιέχει κορυφαία κείμενα του Ροΐδη στην αντιπαράθεσή του με την Εκκλησία και την Πολιτεία, ενώ στο δεύτερο ανακοινώνονται καινούρια σημαντικά ευρήματα για την καταδίωξη και τον αφορισμό του.
Η έκδοση συνοδεύεται από Χρονολόγιο και Βιβλιογραφία καθώς και από λεπτομερές Γλωσσάρι για να διευκολύνεται η ανάγνωση.
Μια τέτοια έκδοση συνοδεύεται επίσης από συστηματικά Προλεγόμενα που καλύπτουν τόσο το ιστορικό δίλημμα «υπήρξε όντως η Πάπισσα;» όσο και τις πιο σημαντικές πλευρές του μυθιστορήματος του Ροΐδη.
Υπ’ αυτή την έννοια η παρούσα έκδοση μπορεί τεκμηριωμένα να ισχυριστεί ότι είναι: νέα, πλήρης, αναθεωρημένη, σχολιασμένη, βελτιωμένη και φιλολογικά αποκατεστημένη.
