Η εικόνα του σημερινού Μουσείου απέχει πολύ από την παρατακτική συσσώρευση των αρχαίων και την επιδεικτική ανάπλαση των μνημείων στις λιγοστές αίθουσες του πρώτου κτιρίου των αρχών του περασμένου αιώνα. Τα εκθέματα δεν παρατάσσονται ως αυτόνομα έργα ή σκόρπιες εικόνες των λημμάτων μιας εγκυκλοπαίδειας της αρχαίας τέχνης, αλλά ταξινομημένα σε χρονολογικές ενότητες οργανικά δεμένες μεταξύ τους, συνθέτουν ένα ιστορικό μυθιστόρημα, που οι σελίδες του διατρέχουν μέσα από την πορεία της Έκθεσης δώδεκα αιώνες. Αφηγούνται μουσειογραφικά τη θρησκευτική, πολιτική και κυρίως την καλλιτεχνική δραστηριότητα του πιο ξακουστού ιερού της ειδωλολατρίας και του μαντείου του από την εποχή της ίδρυσής του, που βυθίζεται στην αχλή των μύθων, έως τα χρόνια της επικράτησης του χριστιανισμού.
