Τα μυστήρια της Κεφαλονιάς είναι το πιο χαρακτηριστικό έργο του Ανδρέα Λασκαράτου. Γράφτηκε στα 1856 με υπότιτλο "ή σκέψες απάνου στην οικογένεια, στη θρησκεία και στην πολιτική εις την Κεφαλλονιά".
Το βιβλίο διαιρείται σε αυτά τα τρία μέρη και ο συγγραφέας παραθέτει τις σκέψεις του πάνω σε αυτά τα ζητήματα που τα θεωρούσε κεφαλαιακούς σημασίας. Ο Λασκαράτος έχει ηθικοδιδακτική πρόθεση και σατιρίζει στο έργο του τις προλήψεις και τις δεισιδαιμονίες, την αμορφωσιά και τη μιζέρια των τότε συμπατριωτών του καθο5ς και την διαφθορά του ορθόδοξου κλήρου της Κεφαλονιάς. Καμία κοινωνική σύμβαση της εποχής δεν γλύτωσε από τα βέλη του. Όπως ήταν φυσικό, "Τα μυστήρια της Κεφαλονιάς" προκάλεσαν θυελλώδεις αντιδράσεις, που έφτασαν ως τον αφορισμό του Λασκαράτου αρχικά από τον Μητροπολίτη Κεφαλονιάς και έπειτα από την Ιερά Σύνοδο.
Το έργο ξεχωρίζει για το δυναμικό, επιθετικό του ύφος. Πολεμά, σαρκάζει, και αντιμάχεται την αδικία. Η σάτιρα του είχε στόχο να διορθώσει τα κακώς κείμενα. Η γλώσσα του είναι μείξη δημοτικής, καθαρεύουσας και πολλών ιδιωματικών επτανησιακών εκφράσεων, που κάνει τον λόγο του άμεσο και ζωηρό.