Το δοκίμιο Πολιτική ανυπακοή (1849) –ένα από τα σημαντικότερα κείμενα πολιτικού στοχασμού– καλεί τους Αμερικανούς πολίτες να αρνηθούν να καταβάλουν τη φορολογία που τους είχε επιβάλει η τότε κυβέρνηση του Τζέιμς Πολκ, κυβέρνηση που αποδεχόταν τη δουλοκτησία ως νόμιμο δικαίωμα και είχε το 1846 κηρύξει πόλεμο στο Μεξικό, με σκοπό να επεκτείνει τη δουλεία σε περιοχές που θα κατακτούσε. Ο Θορώ διατυπώνει εδώ το δόγμα της «παθητικής αντίστασης» προς την εξουσία με την εκδήλωση ανυπακοής. Αυτό επιτάσσει, λέει ο συγγραφέας, η αίσθηση του δικαίου και η επίγνωση του καθήκοντος. Κάτι ανάλογο είχε διατυπώσει και ο ρομαντικός ποιητής Π. Μπ. Σέλλεϋ, στο ποίημά του «Η μάσκα της αναρχίας» (1819), έργο το οποίο επηρέασε βαθιά τον Θορώ. Για τον Θορώ, η εκδήλωση της πολιτικής ανυπακοής ως επιταγής της συνείδησής του δεν ήταν άλλο παρά πραγμάτωση της ατομικότητάς του. Η ανυπακοή γίνεται η μέθοδος προάσπισης της ελευθερίας της συνείδησης και των ατομικών δικαιωμάτων.