Οι πατριάρχες και το περιβάλλον τους ήταν συνεχιστές της βυζαντινής παράδοσης. Επίσημη γλώσσα της εκκλησίας ήταν η ελληνική και το δίκαιο που εφάρμοζαν ως δικαιοδοτικά όργανα τα μέλη του ανώτατου κλήρου ήταν το βυζαντινορωμαικό.

Τα Βεράτια οθωμανικά έγγραφα τα οποία χορηγούσε η οθωμανική διοίκηση στους κατά τόπους πατριάρχες και στα υπόλοιπα μέλη του ανώτατου ορθόδοξου κλήρου είναι κείμενα που καθορίζουν κατά συνολικό τρόπο μέχρι το 1862 τις αρμοδιότητες του ανώτατου ορθόδοξου κλήρου Το σημαντικότερο τμήμα των προνομίων ήταν η αναγνώριση του εκκλησιαστικού δικαίου στην οργάνωση της εκκλησιαστικής ζωής.

Η δικαστική αρμοδιότητα της εκκλησίας στους πρώτους αιώνες της οθωμανικής αυτοκρατορίας αφορούσε κυρίως υποθέσεις οικογενειακού και κληρονομικού δικαίου. Με την πάροδο των αιώνων οι αρμοδιότητες των εκκλησιαστικών δικαστηρίων αφορούσαν περισσότερα θέματα ακόμα και ποινικές υποθέσεις που αφορούσαν κυρίως χριστιανούς. Με την δημοσίευση των εθνικών κανονισμών τον 19ο αιώνα η εκκλησία αναγνωρίζεται ως νομικό πρόσωπο και τα εκκλησιαστικά δικαστήρια διευρύνουν τις αρμοδιότητές στους σε όλες της υποθέσεις που αφορούν χριστιανούς υπηκόους της οθωμανικής αυτοκρατορίας.