Ο Ισαάκ Νεύτωνας ήταν ένας αφοσιωμένος αλχημιστής, γεγονός που συχνά αποσιωπάται καθώς έρχεται σε αντίθεση με την ξεχωριστή θέση που κατέχει θεμελιωτής της επιστημονικής επανάστασης. Ο Philip Ashley Fanning μελέτησε με προσοχή τα στοιχεία της έρευνάς που έχουν διασωθεί και καταλήγει στο σμπέρασμα πως οι δυο κύριες πτυχές της έρευνας του Νεύτωνα - η συμβατική επιστήμη και η αλχημεία - ήταν στην πραγματικότητα αδιάσπαστες. Στο βιβλίο του "Ο Ισάακ Νεύτωνας και η μεταστοιχείωση της αλχημείας", ο Fanning αποκαλύπτει την εκπληκτικά βαθιά επίδραση που είχε η μελέτη της αλχημείας στη διαμόρφωση των επιστημονικών του θέσεων που σήμερα είναι ευρέως αποδεκτές.

 Η αλχημεία ήταν μια αρχαία παράδοση αφαιρετικής φιλοσοφίας η οποία υπόσχονταν θαυματουργές δυνάμεις, όπως για παράδειγμα την μετατροπή απλών μετάλλων σε χρυσό ή της δυνατότητας ενός καθολικού διαλύματος ή αλλιώς ελιξήριο της ζωής. Σήμερα ο τομέας αυτός θεωρείται ιστορική επιπολαιότητα, ψευδοεπιστήμη που κάποτε γοήτευσε αρκετούς στοχαστές αλλά αποδείχτηκε εντελώς ανεδαφική. Για χιλιετίες, ωστόσο, η αλχημεία αποτελούσε σημαντικό τμήμα του ανθρώπινου εγχειρήματος – ουδέποτε, βέβαια, το καθιερωμένο αλλά πάντοτε ένα ισχυρό υπόγειο ρεύμα.

 Ο Φάνινγκ περιγράφει πειστικά αυτό το προσεκτικά κλειστό απόκρυφο θεσμό, ο οποίος μάλλον βρήκε τον μεγαλύτερο υποστηρικτή του στο πρόσωπο του πατέρα της μοντέρνας επιστήμης. Ακόμη πιο σημαντικό είναι το γεγονός πως η ενασχόληση του Νεύτωνα με την αλχημεία είναι ο τελευταίος κρίκος μιας αλυσίδας απίθανων γεγονότων που ξεκίνησαν έναν αιώνα πριν από τη γέννησή του, και τα οποία είχαν ως πρωταγωνιστές δύο άλλους Βρετανούς αλχημιστές, τον Τζων Ντη και τον Φράνσις Μπέικον. Μπορούμε πλέον να τα συνδυάσουμε όλα αυτά (τουλάχιστον σε αδρές γραμμές), ώστε η επιστημονική επανάσταση να γίνει πλήρως κατανοητή σε αυτό το πλαίσιο.